农家肥经腐熟沤制后，可作作物的基肥施用，也可作大部分作物的追肥使用，还可用作水产品养殖池水的营养培养基。目前，动物性的有机肥有人粪尿、猪粪、牛粪、马粪、鸡粪、羊粪和鸭粪及牲畜的尿；厩肥有猪和牛的厩肥；堆肥是各种杂草叶与泥土及零星牲畜粪混合在一起，长期堆积而成的一积自然肥；饼肥有菜籽饼、茶油饼、棉籽饼等，饼肥需要加水充分腐烂沤熟后，兑水稀释才能使用；绿肥主要由各种嫩草、树叶、藤蔓堆在一起，外用稀泥密封沤制而成。在冬闲田中，还通过种植红花草籽，到了春季翻耕沤制成绿肥；塘泥是水塘中多年淤积的污泥，塘泥富含多种有机质和营养元素，但需要通过寒冬冻散后，再在太阳底下晒干才能使用。
现在市面上的有机肥有用鸡粪、牛粪、马粪、羊粪以及农作物秸秆、污泥等作为有机质来源。它们有什么区别呢？碳氮比大的，有机质难分解，长效；碳氮比小的，有机质容易分解，速效。羊粪的碳氮比介于几种有机质之间，它是速效和长效结合的，是有机质来源。
再来说一下安全性。现在的鸡粪都是从哪里来的？大家应该很清楚。养鸡场里面的鸡粪，首先，不排除重金属过量；第二，大量使用抗生素、激素类物质。所以鸡粪用在地里风险比较大。相比较而言，羊粪的安全性要高。如，有机质的原料是来自内蒙古的高纯度羊粪，安全性比鸡粪、猪粪高很多。这是第一点，从有机质的来源看，羊粪做的有机质有它比较大的优势。
首先，活菌数是一个指标。市面上动不动有活菌数几亿甚至几十亿的生物有机肥，但是如何去检测，市场缺乏监管。对于生物有机肥而言，很难做到这么多。
第二，从菌的活性来判断。包装上标的菌数量是很多，但是不代表活性高。比较高活性的菌一般是原生一代菌，它在土壤中的存活、繁殖能力要强很多。
第三，从菌的种类来讲。很多生物有机肥是单一菌种，并不是复合菌种。单一菌种在土壤中的定向繁殖能力要比复合菌差。优选的复合菌可以做到互不拮抗、互惠共生，甚至对植物的真菌性病害和细菌性病害都有很好的预防效果。
生物有机肥的菌种是枯草芽孢杆菌、地衣芽孢杆菌、解淀粉芽孢杆菌、淡紫拟青霉菌、胶质芽孢杆菌、巨大芽孢杆菌等菌株中进行筛选的原生一代菌。第一，活性比较高；第二，它含有真菌和细菌，多菌合一，互不拮抗，互惠共生，对植物的真菌性病害和细菌性病害都有很好的预防效果。
正是由于添加了种类比较多的复合菌种，生物有机肥对于固氮，解磷解钾，抗重茬，预防根腐病、枯萎病、线虫等病虫害等的效果都非常明显。